Już w czasach studenckich Waldemar Witkowski angażował się w działalność ruchów studenckich. W latach 80-tych był szefem komitetu osiedlowego Poznań – Dębiec (dzisiejsza rada osiedla). W 1976 roku wstąpił do PZPR. Na początku okresu transformacji przyłączył się do Wielkopolskiej Unii Socjaldemokratycznej. Tworzyli ją ludzie związani w przeszłości z PZPR (reformatorzy z Ruchu 8 Lipca) oraz członkowie i członkinie Solidarności Pracy i in. organizacji.

To była jedyna partia w której wspólny język znaleźli ludzie z różnych “biegunów” politycznych, bez podziałów historycznych. WUS następnie przeobraziła się w Unię Pracy.

Pod koniec lat 90-tych Waldemar Witkowski był najpierw przewodniczącym poznańskiego koła, później województwa, a od 2006 jest przewodniczącym Unii Pracy.
W trakcie wyborów prezydenckich w latach 1995 i 2000 był członkiem komitetu honorowego Aleksandra Kwaśniewskiego.

W okresie rządów SLD – UP był społecznym doradcą wicepremiera, ministra infrastruktury Marka Pola, w tym czasie właśnie stworzono dostęp do tanich kredytów mieszkaniowych. Przez wiele kadencji był doradcą sejmowych komisji ds. infrastruktury i mieszkalnictwa.

Opowiada się za zjednoczeniem lewicy, był jednym ze współtwórców LiDu (Lewica i Demokraci).

Obecnie Waldemar Witkowski jest radnym sejmiku województwa wielkopolskiego. Należy do klubu Lewica. W ciągu ostatnich czterech lat Waldemar Witkowski był jednym z najbardziej akywnych radnych o największej liczbie interpelacji. Z jego inicjatywy m.in.: podwyższono stypendia dla dzieci i młodzieży uprawiających sport; uchwalono plan budowy “orlików”.